Mikroorganisme, Bakteri dan Virus

Perkembangan Mikrobiologi

Sejarah perkembangan mikrobiologi sebelum ilmu pengetahuan dapat dibagi menjadi tiga periode. Periode pertama, dimulai dengan terbukanya rahasia suatu dunia mikroorganisme melalui pengamatan Leeuwenhoek pada tahun 1675.

Hal ini menimbulkan rasa ingin tahu di kalangan para ilmuwan mengenai asalmula kehidupan. Namun baru kurang lebih pada pertengahan tahun 1860an, ketika teori generatio spontanea dibuktikan ketidakbenarannya dan prinsip biogenesis diterima, pengetahuan mengenai mikroorganisme tidak lagi bersifat spekulatif semata-mata.

Perkembangan Teknik dan Cara Kerja di Laboratorium Mikrobiologi

Selama periode berikutnya antara tahun 1860 dan tahun 1900, banyak dilakukan penemuan dasar yang penting. Perkembangan teori nutfah panyakit dalam tahun1876, hal ini secara tiba-tiba menimbulkan minat terhadap prosedur laboratoris untuk mengisolasi dan mencirikan mikroorganisme. Didalam periode ini ditemukan banyak mikroorganisme penyebab penyakit serta metode-metode untuk mencegah dan mendiagnosis serta mengobati

penyakit-penyakit tersebut. Penemuan-penemuan di bidang mikrobiologi kedokteran membawa perombakan yang besar dan cepat di dalam praktik kedokteran.

Penelaah mikroorganisme di laboratorium dilakukan untuk berbagai tujuan. Misalnya untuk mengetahui identitas masing-masing mikroorganisme yang berbeda, atau proses biologi dasar yang dilakukan oleh mikroorganisme. Pada umumnya metode-metode yang tersedia bagi para mikrobiologiawan memungkinkan untuk pencirian mikroorganisme.

Aplikasi Mikrobiologi dalam Kehidupan Manusia

Mikroba memegang peranan penting dalam kehidupan manusia, karena mikroba memberikan keuntungan sekaligus kerugian bagi manusia. Mikroba yang menguntungkan memungkinkan manusia untuk memanfaatkan jasa dan produknya sekaligus. Sementara itu mikroba yang merugikan dapat menyebabkan penyakit pada tanaman, hewan ternak, bahkan manusia itu sendiri.

Untuk meminimalkan kerugian yang ditimbulkan oleh mikroba, maka manusia menerapkan berbagai teknologi untuk mengendalikan populasi mikroba itu. Pengendalian dilakukan secara kimiawi, fisikawi, mekanis dan sebagainya.

Protista Prokariotik

Keragaman bakteri sangat luas. Tidak seperti organisme lain yang mempunyai kisaran cirri morfologi, fisiologi, dan metabolik yang seluas dan menyamai bakteri. Sebagai contoh, riketsia adalah parasit intraselular, yang sepenuhnya bergantung pada sel inang untuk melakukan beberapa proses vital ataupun untuk memperoleh produk tertentu. Sebaliknya, bakteri genus Thiobacillus memperoleh energi dari oksidasi sulfur dan memperoleh karbon dari karbondioksida. Mikoplasma bentuk tubuhnya sederhana, dan bentuk terkecil tidak dapat dilihat jelas dengan mikroskop cahaya. Sebaliknya, Streptomicetes tumbuh menjadi filamen dengan panjang lebih dari 100 m

Protista Eukariotik

Algae adalah organisme eukariotik fotosintetik aerobik, yang mengandung klorofil a, klorofil lain, dan pigmen-pigmen fotosintetik lain. Pigmen-pigmen tersebut terletak di dalam kloroplas. Habitat algae di mana-mana, selama tersedia cahaya matahari, kelembagaan dan nutrien sederhana. Algae dapat uniselular atau multiselular dan dapat tertata dalam koloni filamen, atau bentuk-bentuk multiselular lainnya. Ada yang mikroskopik dan ada pula yang makrokospik.

Algae bereproduksi dengan cara aseksual dan seksual. Pada setiap tipe reproduksi mereka menggunakan banyak cara. Beberapa algae mempunyai daur hidup yang rumit yang mencakup cara-cara aseksual maupun seksual.

Protozoa mempunyai keragaman yang luas dalam ukuran dan bentuk. Beberapa spesies bersifat polimorfik. Banyak di antara mereka dapat membentuk sista, dan sista itu penting di dalama penularan penyakit-penyakit yang disebabkan oleh protozoa. Secara struktural protozoa lebih rumit dan biasanya lebih besar daripada protista prokariotik.

Reproduksi pada protozoa ialah melalui proses aseksual dan seksual, tergantung kepada spesies dan kondisi lingkungannya. Beberapa protozoa mempunyai daur hidup yang sangat rumit.

Protozoa memperoleh makanannya melalui banyak cara. Beberapa adalah fotosintetik, yang lain menyerap nutrient terlarut dan yang lain lagi menelan partikel-partikel makanan padat.

Berdasarkan cara pengerakannya terdapat empat kelompok utama protozoa. Kelompok-kelompok ini adalah amoeba, siliata, flagelata, dan sporozoa. Protozoa yang penting secara medis dijumpai di dalam ke empat kelompok tersebut.

Klasifikasi fungi didasarkan pada ciri-ciri morfologis, terutama struktur-struktur yang berkaitan dengan reproduksi, yaitu spora aseksual dan seksual serta tubuh buahnya. Namun demikian identifikasi khamir uniselular, seperti halnya bakteri, membutuhkan evaluasi terhadap banyak ciri fisiologis dan reaksi-reaksi biokimia terutama pada gula.

Ada empat kelas fungi : Phycomycetes, Ascomycetes, Basidiomycetes, dan Deuteromycetes. Kebanyakan fungi yang merupakan patogen bagi manusia dijumpai dalam kelas Deuteromycetes. Meskipun bukan merupakan kelompok taksonomi tunggal, kapang lendir (Mycomycetes) merupakan sekumpulan mikroorganisme renik yang mempunyai ciri-ciri serta daur hidup morfogenetik (berubah bentuk) seperti amoeba.

Isolasi Mikroba

Kulturisasi bakteri untuk keperluan yang bermanfaat, pada umumnya dilakukan dengan biakan murni. Biakan murni hanya mengandung satu jenis. Untuk mengisolasi bakteri dalam biakan murni, umumnya digunakan dua prosedur yaitu: metode agar cawan dengan goresan dan metode agar tuang.

Biakan adalah medium yang mengandung organisme hidup. Medium itu menye-diakan zat makanan untuk pertumbuhan bakteri. Berbagai resep ramuan untuk membuat media telah dibuat untuk memungkinkan tumbuhnya jenis-jenis tertentu. Medium pilihan dan diferensial bermaafaat untuk memisahkan beberapa jenis.

Identifikasi jenis menggunakan semua sifat yang berkaitan dengan jenis. Hal ini mencakup morfologi, daya gerak, sifat biokimianya, kebutuhan akan oksigen, reaksi pewarnaan Gram, dan beberapa diantaranya sifat kekebalan.

Dalam pemeliharaan kultur terdapat beberapa persyaratan yang harus dipenuhi sehingga tidak hanya mempertahankan sel agar tetap hidup, tetapi dapat juga memperta-hankan sifat-sifat genotip dan fenotipnya.

Terdapat 3 metode dalam pemeliharaan kultur, antara lain penyimpanan kultur dengan cara pengeringan; metabolisme terbatas; dan penyimpanan kultur dengan cara liofilisasi. Metode yang sering digunakan adalah pengeringan beku.

Pertumbuhan dan Multiplikasi

Pertumbuhan didefinisikan sebagai pertambahan kuantitas konstituen seluler dan struktur organisme yang dapat dinyatakan dengan ukuran, diikuti pertambahan jumlah, pertambahan ukuran sel, pertambahan berat atau massa dan parameter lain. Sebagai hasil pertambahan ukuran dan pembelahan sel atau pertambahan jumlah sel maka terjadi pertumbuhan populasi mikroba.

Pertumbuhan mikroba dalam suatu medium mengalami fase-fase yang berbeda, yang berturut-turut disebut dengan fase lag, fase eksponensial, fase stasioner dan fase kematian. Pada fase kematian eksponensial tidak diamati pada kondisi umum pertumbuhan kultur bakteri, kecuali bila kematian dipercepat dengan penambahan zat kimia toksik, panas atau radiasi.

Metode pengukuran pertumbuhan yang sering digunakan adalah dengan menentukan jumlah sel yang hidup dengan jalan menghitung koloni pada pelat agar dan menentukan jumlah total sel/jumlah massa sel. Selain itu dapat dilakukan dengan cara metode langsung dan metode tidak langsung. Dalam menentukan jumlah sel yang hidup dapat dilakukan penghitungan langsung sel secara mikroskopik, melalui 3 jenis metode yaitu metode: pelat sebar, pelat tuang dan most-probable number (MPN). Sedang untuk menentukan jumlah total sel dapat menggunakan alat yang khusus yaitu bejana Petrof-Hausser atau hemositometer. Penentuan jumlah total sel juga dapat dilakukan dengan metode turbidimetri yang menentukan: Volume sel mampat, berat sel, besarnya sel atau koloni, dan satu atau lebih produk metabolit. Penentuan kuantitatif metabolit ini dapat dilakukan dengan metode Kjeldahl.

Virus Bakterial

Bakteriofage (fage) adalah virus yang menginfeksi bakteri dan hanya dapat bereproduksi di dalam sel bakteri. Kemudahan relatif dalam penanganannya dan kesederhanaan infeksi fage bakteri membuatnya menjadi suatu sistem model bagi penelaahan patogenesitas virus maupun banyak masalah dasar di dalam biologi, termasuk biologi seluler dan molekular serta imunologi.

Fage pada hakekatnya terdiri dari sebuah inti asam nukleat yang terkemas di dalam selubung protein pelindung. Reproduksi virus bakterial yang virulen mencakup urutan umum sebagai berikut: adsorbsi partikel fage, penetrasi asam nukleat, replikasi asam nukleat virus, perakitan partikel-partikel fage baru, dan pembebasan partikel-partikel fage ini di dalam suatu ledakan bersamaan dengan terjadinya lisis sel inang. Fage-fage virulen telah digunakan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi bakteri patogenik.

Virus Hewan dan Tumbuhan

Virus hewan dan virus tumbuhan adalah parasit intraseluler obligat yang sangat kecil. Setiap virion mempunyai sebuah inti pusat asam nukleat dikelilingi oleh kapsid. Secara morfologis, virus hewan dan virus tumbuhan dapat ikosashedral, helikal, bersampul atau kompleks.

Proses replikasi virus dimulai dengan melekatnya virion pada sel inang. Peristiwa ini disusul dengan penetrasi dan pelepasan selubung, biosintesis komponen-komponen virus dan perakitan serta pematangan virion. Proses ini diakhiri dengan pembebasan virus dari sel inang.

Dasar-dasar Klasifikasi

Penelaahan mengenai organisme untuk menetapkan suatu sistem klasifikasi yang mencerminkan dengan sebaik-baiknya semua persamaan dan perbedaannya dinamakan taksonomi. Kegiatan di dalam penyusunan taksonomi mikroorganisme adalah pengklasifikasian, penamaan dan pengidentifikasi yang kesemuanya disebut dengan sistematika mikroba.

Sistem klasifikasi biologi didasarkan pada hierarki taksonomi atau penamaan kelompok atau kategori yang menempatkan spesies pada satu ujung dunia dan di ujung dunia lainnya, dalam urutan: spesies – genus – famili ordo – kelas – filum atau divisi – dunia. Mikroorganisme, sebagaimana bentuk-bentuk kehidupan yang lain, diberi nama menurut nomenklatur sistem biner.

Klasifikasi bakteri menurut Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology pada umumnya diterima secara internasional. Manual ini direvisi secara berkala untuk memanfaatkan pengetahuan baru melalui penelitian dengan mikroorganisme dan melalui teknik-teknik baru untuk menganilisis data yang diperoleh. Bergey’s Manual edisi kedelapan yang sekarang ini, membagi semua bakteri menjadi 19 bagian (kelompok), dan masing-masing dicirikan oleh sifat-sifat morfologi atau metabolik yang nyata. Tekanan diberikan pada pengelompokan bakteri yang memiliki ciri-ciri umum dan mudah dikenali. Tidak ada usaha untuk mengatur penempatan mikroorganisme yang mencerminkan skema suatu perkembangan evolusi, sebagaimana dilakukan pada edisi-edisi sebelumnya. Alasannya ialah karena dalam banyak hal pengetahuan kita mengenai mikroorganisme belum lengkap.

Bakteri, sebagaimana tampak melalui uraian singkat mengenai 19 kelompok, memperlihatkan keragaman yang luas. Tidak ada organisme lain yang mempunyai kisaran ciri morfologi, fisiologi, dan metabolik yang seluas dan menyamai bakteri.

Enzim dan Metabolisme Bakteri

Klasifikasi enzim berlaku hanya untuk enzim-enzim tunggal, penamaan berdasarkan reaksi yang dikerjakan oleh enzim tersebut dan ditambah akhiran – ase.

Menurut Comission on Enzymes of the International Union of Biochemistry terdapat enam kelas utama Enzim yaitu:

1. Oksidoreduktase —> Reaksi transfer elektron (atau pemindahan atom hidrogen)
2. Transferase —> Transfer gugusan fungsional (mencakup fosfat, amino,metil, dsb)
3. Hidrolase —> Reaksi hidrolisis (penambahan molekul air untuk memecahkan ikatan kimiawi)
4. Liase —> Penambahan ikatan ganda pada molekul dan pengusiran non hidrolitik gugusan kimia
5. Isomerase —> Reaksi Isomerasi
6. Ligase —> Pembentukan ikatan disertai pemecahan atau penambahan ATP

Keadaan yang mempengaruhi aktivitas enzim adalah:

1.      Konsentrasi enzim.

2.      Konsentrasi substrat.

3.      pH dan

4.      Suhu

Setiap enzim berfungsi optimal pada pH dan temperatur tertentu. Suhu yang sangat rendah dapat menghentikan aktivitas enzim tetapi tidak menghancurkannya. Aktivitas enzim diatur melalui 2 cara yaitu

1.      Pengendalian katalisis secara langsung dan

2.      Pengendalian genetik.

Metabolisme pada bakteri pada dasarnya seperti yang terjadi pada sel-sel organisme lain secara umum. Reaksi metabolisme terdiri atas dua proses yang berlawanan. Metabolisme pertama adalah sintesis protoplasma dan penggunaan energi disebut anabolisme. Metabolisme kedua yaitu suatu proses oksidasi substrat yang diikuti perolehan energi disebut katabolisme.

Posted in Uncategorized | Leave a comment

DUNIA MIKROBIOLOGI

1.      Keanekaragaman Mikroorganisme dalam Media Pemeliharaan

Mikroorganisme merupakan istilah yang digunakan untuk menyebut organisme berukuran mikroskopis, seperti bakteri, sianobakter, kapang mikroskopis, protozoa dan lain sebagainya. Bakteri merupakan salah satu organisme uniseluler berukuran kecil yang termasuk golongan prokariotik. Sel-sel bakteri sangat khas dengan berbagai bentuk, seperti bulat, batang, oval dan spiral. Bakteri memiliki diameter 0,5-1,0 μm dan panjang 1,5-2,5 μm, sehingga tidak bisa diamati tanpa bantuan mikroskop. Alongi dalam Feliatra (2001) menyatakan bahwa bakteri terdapat hampir di seluruh ekosistem dan bertanggung jawab untuk mendegradasi dan mendaur ulang unsur atau elemen esensial, sehingga bakteri menjadi salah satu organisme utama dalam suatu ekosistem.

Bakteri mudah ditemukan di air, udara dan tanah. Mereka hidup dalam suatu koloni, baik bersimbiose, bebas ataupun parasit pada makhluk hidup. Jumlah bakteri di alam sangat melimpah dengan keragaman yang sangat tinggi (Pelczar dan Chan, 2005). Untuk mempelajari kehidupan dan keragaman bakteri, diperlukan suatu usaha untuk mengembakbiakkan mereka dalam skala laboratorium. Pengembangbiakan ini dilakukan dengan menumbuhkan bakteri dari sumber isolat, seperti tanah, udara, sisa makanan, dll, dalam media yang mengandung nutrisi.

Media pertumbuhan bakteri sangat beragam, mulai dari media selektif, media penyubur, media diferensial, dll. Masing-masing media memiliki fungsi berbeda dan digunakan tergantung tujuan dari praktikan. Berikut adalah syarat yang harus dipenuhi media :

a.       Mengandung nutrisi yang dibutuhkan oleh mikroorganisme yang sedang   dikembangkan.

b.      Memiliki kelembaban optimum bagi pertumbuhan mikroorganisme.

c.       Mengandung oksigen (kultur bakteri aerob) dan pH yang sesuai.

d.      Harus bebas dari mikroba lain dan steril

Ada 3 jenis media pengembangbiakan berdasarkan konsistensinya, antara lain :

a.       media padat, yaitu media berbentuk padat yang mengandung agar 1-1.5%, misalnya nutrien agar

b.      media cair, yaitu media berbentuk cair yang tidak mengandung agar, misalnya nutrien broth.

c.       media semi padat, yaitu media yang berbentuk padat pada suhu dingin, dan berbentuk cir bila suhu panas, misalnya media SIM (media yang digunakan untuk uji produksi sulfur, indol, motilitas)

Berdasarkan komposisi penyusunnya, media dibedakan menjadi 2, yaitu media sintetis dan media non-sintetis. Media sintetis adalah media yang telah diketahui susunan kimia nutrisinya, seperti media pepton agar yang terbuat dari pepton, agar dan NaCl, sedangkan media non-sintetis, yaitu media yang belum diketahui susunan kimia nutrisinya, seperti kentang, wortel, kaldu, dll.

2.      Pembiakkan Mikroorganisme (Bakteri)

Dalam dunia mikrobiologi, dikenal beberapa istilah seperti inokulasi, kultur dan isolasi. Inokulasi adalah suatu usaha menumbuhkan mikroorganisme dari satu sumber ke media pertumbuhan steril. Biakan yang tumbuh disebut dengan kultur. Isolat adalah biakan murni dari mikroorgansime yang diharapkan berasal dari satu jenis, sedangkan isolasi adalah usaha untuk mendapatkan isolat.

Sumber isolasi → Inokulasi → Kultur/biakan → Isolasi → Isolat

Tahapan sederhana dalam mengidentifikasi bakteri, yaitu :

1.      Menumbuhkan mikroorganisme dalam media sintetik cawan petri

2.      Koloni yang tumbuh pada tahap 1 merupakan koloni campuran, sehingga perlu tahap lanjut.

3.      Koloni yang benar-benar terpisah dari suatu kultur campuran dikarakterisasi tipe pertumbuhan (karakterisasi makroskopis) kemudian diisolasi murni pada media miring (slant agar) dalam tabung reaksi.

4.      Identifikasi dilanjutkan hingga tingkat mikroskopis berdasarkan sifat-sifat tertentu yang tercantum dalam Bergey`s Manual of Determinative Bacteriology

Dalam mengembangbiakkan mikroorganisme, khususnya bakteri, alat-alat yang digunakan harus steril. Sterilisasi dilakukan dengan memanaskan seluruh alat, seperti cawan petri, ose, tabung reaksi, dll di dalam autoclave. Sebenarnya, sterilisasi adalah masalah teknis yang terkdang tidak ditemukan dalam literatur. bahkan, informasi mengenai cara sterilisasi saya dapatkan dari kakak angkatan, laboran dan rekan sekerja di lab. Oleh karena itu, sebaiknya mahasiswa memiliki koneksi dengan salah satu dari mereka, sehingga mendapatkan informasi yang sangat penting apabila ingin bekerja di laboratorium, khususnya mikrobiologi. Sterilisasi dilakukan pada suhu 121oC, tekanan 1 atm dan dilakukan selama 15 menit. Ini dilakukan gar sel-sel vegetatif bakteri mati, sehingga dapat menurunkan resiko kontaminasi. Sterilisasi juga menjadi syarat utama untuk bekerja di laboratorium.

autoclave di laboratorium mikrobiologi UNY

Membiakkan bakteri dapat dilakukan dengan berbagi cara, salah satunya pengembangbiakan dalam media cawan petri. Pengembangbiakan dalam cawan ini ada beberapa metode, yaitu :

1.      Metode cawan gores (streak plate)

Metode cawan gores cukup sulit bagi pemula, terutama mahasiswa semester awal yang baru mengambil mata praktikum mikrobiologi. Kesulitan dari metode ini, yaitu proses penggoresan yang cukup lama dan sulit, sehingga memudahkan terjadinya kontaminasi dan kegagalan. Prinsip metode ini, yaitu mendapatkan koloni yang benar-benar terpisah dari koloni yang lain, sehingga mempermudah proses isolasi.

Cara ini dilakukan dengan membagi cawan petri menjadi 3-4 bagian. Ose steril yang telah disiapkan dilekatkan pada sumber isolat, kemudian menggoreskan ose tersebut pada cawan berisi media steril. Goresan dapat dilakukan 3-4 kali membentuk garis horisontal di satu sisi cawan. Ose disterilkan lagi dengan api bunsen, setelah kering ose tersebut digunakAn untuk menggores goresan sebelumnya pada sisi cawan kedua. Langkah ini dilanjutkan hingga keempat sisi cawan tergores.

Pada metode ini, goresan di sisi pertama diharapkan koloni tumbuh padat dan berhimpitan, sedangkan pada goresan sisi kedua, koloni mulai tampak jarang dan begitu pula selanjutnya, sehingga didapatkan koloni yang tampak tumbuh terpisah dengan koloni lain. Seluruh tahap hendaknya dilakukan secara aseptik agar tak terjadi kontaminasi.

2.      Metode cawan tuang (pour plate)

Metode cawan tuang sangat mudah dilakukan karena tidak membutuhkan keterampilan khusus dengan hasil biakan yang cukup baik. Metode ini dilakukan dengan mengencerkan sumber isolat yang telah diketahui beratnya ke dalam 9 ml garam fisiologis (NaCl 0.85%) atau larutan buffer fosfat. Larutan ini berperan sebagi penyangga pH agar sel bakteri tidak rusak akibat menurunnya pH lingkungan. Pengenceran dapat dilakukan beberapa kali agar biakan yang didapatkan tidak terlalu padat atau memenuhu cawan (biakan terlalu padat akan mengganggu pengamatan).

Sekitar 1 ml suspensi dituang ke dalam cawan petri steril, dilanjutkan dengan menuangkan media penyubur (nutrien agar) steril hangat (40-50oC) kemudian ditutup rapat dan diletakkan dalam inkubator (37oC) selama 1-2 hari.

 

Penuangan dilakukan secara aseptik atau dalam kondisi steril agar tidak terjdi kontaminasi atau tumbuh atau masuknya organisme yang tidak diinginkan (di laboratorium, kontaminasi biasanya terjadi akibat tumbuhnya kapang, seperti Penicilium dalam biakan). Media yang dituang hendaknya tidak terlalu panas, karena selain mengganggu proses penuangan (media panas sebabkan tangan jadi panas juga), media panas masih mengeluarkan uap yang akan menempel pada cawan penutup, sehingga mengganggu proses pengamatan. pada metode ini, koloni akan tumbuh di dalam media agar. Kultur diletakkan terbalik, dimasukkan di dalam plastik dengan diikat kuat kemudian diletakkan dalam inkubator

3.      Metode cawan sebar (spread plate)

Pada metode cawan sebar, 0.1 ml suspensi bakteri yang telah diencerkan (metode 3) disebar pada media penyubur steril yang telah disiapkan. Selanjutnya, suspensi dalam cawan diratakan dengan batang drygalski agar koloni tumbuh merata pada media dalam cawan tersebut, kemudian diletakkan dalam inkubator (37oC) selama 1-2 hari. Metode ini cukup sulit terutama saat meratakan suspensi dengan batang drygalski. Alih-alih koloni tumbuh merata, biakan justru terkontaminasi. Oleh karena itu, batang drygalski harus benar-benar steril, yaitu dengan mencelupkannya terlebih dahulu dalam alkohol kemudian dipanaskan dengan api bunsen. Perlu diingat, batang drygalski, yang masih panas akibat pemanasan dengan api bunsen, dapat merusak media agar, sehingga harus didinginkan terlebih dahulu dengan meletakkannya di sekitar api bunsen (±15 cm).

Dengan metode ini, satu sel bakteri akan tumbuh dan berkembang menjadi satu koloni bakteri. Satu koloni bakteri yang terpisah dengan koloni lainnya dapat diamati tipe pertumbuhan pada masing-masing media, diantaranya dilakukan terhadap konsistensi, bentuk koloni, warna koloni dan permukaan koloni.

Koloni yang tumbuh terpisah ditumbuhkan kembali untuk mendapatkan isolat murni. Isolasi murni dilakukan dengan mengoleskan ose steril pada koloni dalam kultur campuran yang benar-benar terpisah satu sama lain. Olesan tersebut digores pada media padat agar miring dalam tabung reaksi.

Koloni yang tumbuh dalam media ini merupakan isolat murni, yang hanya berasal dari satu jenis bakteri saja. Koloni yang tumbuh dapat dikarakerisasi berdasarkan tipe pertumbuhannya pada media agar miring.

Seluruh kultivasi atau penanaman sebaiknya dilakukan di dalam laminar air flow yang tertutup, untuk mengurangi resiko kontaminasi. LAF dilengkapi dengan lampu fluorescent, sinar UV dan kipas angin. Lampu fluorescent digunakan apabila kondisi cahaya di dalam LAF dan kamar isolasi kurang memadai. Sinar UV bersifat germisida yang dapat membunuh bakteri yang tidak diinginkan, sehingga dapat menurunkan resiko kontaminasi. Sebelum penanaman (kultivasi), alat2 yang digunakan sebaiknya dikenai sinar UV selama 5 menit (ingat, hanya alat2, seperti lampu bunsen, ose, pipet, dll).

laminar air flow di laboratorium mikrobiologi UNY

3.      Karakterisasi Mikroskopis dan Identifikasi

Karakterisasi merupakan langkah awal dalam mengidentifikasi bakteri. Karakterisasi dilakukan untuk mendapatkan ciri khas dari isolat, sehingga dapat diketahui jenisnya. Karakterisasi bakteri dilakukan melalui dua tahap, yaitu karakterisasi makroskopis, meliputi tipe pertumbuhan pada berbagai media dan karakterisasi mikroskopis, yaitu karakterisasi bentuk sel, ukuran, dsb.

Karakterisasi untuk bakteri dilakukan pula terhadap aktivitas metabolisme, seperti kebutuhan akan sumber energi, kebutuhan oksigen, sifat fermentasi, produksi senyawa tertentu, dsb. Hasil karakterisasi kemudian disesuaikan dengan bakteri acuan dalam Bergey`s Manual of Determinative Bacteriology (9th ed.). Metode ini disebut dengan matching profile atau metode kesamaan profil (sifat) antara isolat dengan bakteri acuan. Tentu saja bakteri yang ditemukan belum pasti bakteri yang sama dengan acuan. Maksudnya, isolat yang didapatkan hanya diduga sebagai bakteri yang dijadikan acuan. Dalam skripsipun harus dituliskan `isolat yang didapatkan diduga merupakan bakteri A berdasarkan sifat-sifat yang dimiliki oleh bakteri A berdasarkan Bergey`s Manual of Determinative Bacteriology.

Posted in Uncategorized | 1 Comment